Yato dan Yukine akhirnya memperbaiki hubungan mereka sebagai dewa dan Regalia, dan semua orang telah kembali ke kehidupan sehari-hari mereka. Yato tetap dewa kecil dan tidak dikenal yang terus mengambil pekerjaan sampingan masing-masing seharga lima yen dengan harapan suatu hari memiliki jutaan jamaah dan kuil agungnya sendiri. Hiyori Iki belum memperbaiki jiwanya oleh Yato, tetapi dia menikmati hidup dan bersiap untuk masuk sekolah menengah. Berlangsung segera setelah musim pertama, Noragami Aragoto menyelidiki masa lalu yang rumit antara Yato dan dewa perang Bishamon. Dewa perempuan itu menyimpan dendam misterius terhadap Yato, yang sering mengakibatkan bentrokan keras di antara mereka. Itu tidak membantu bahwa Regalia yang paling dipercaya dan dicintai Bishamon, Kazuma, tampaknya berhutang budi kepada Yato. Ketika hidup dipertaruhkan, mengungkap misteri ini dan yang lainnya mungkin satu-satunya cara untuk memperbaiki kesalahan masa lalu.