Masa depan yang jauh, 5012. Invasi udara yang tiba-tiba ke Bumi oleh < Aliens ＞ dan kreasi mereka ＜Bentuk Kehidupan Mesin＞ membawa umat manusia ke jurang kepunahan. Jumlah manusia yang selamat yang berlindung di bulan untuk mengatur serangan balik menggunakan tentara ＜android＞ untuk merebut kembali Bumi. Namun, perang mencapai jalan buntu karena ＜Bentuk Kehidupan Mesin＞ terus berlipat ganda tanpa batas. Pada gilirannya, umat manusia menyebarkan unit baru tentara android sebagai senjata pamungkas: ＜YoRHa＞ Baru dikirim ke Bumi ＜2B＞ bergabung＜9S＞, analis saat ini ditempatkan di sana, di mana di tengah misi mereka, mereka menghadapi segudang fenomena misterius... Ini adalah kisah tentang ＜android＞ yang tak bernyawa ini dan perjuangan tanpa akhir mereka demi umat manusia.